常見的水果，蔬菜，菌菇，藥食同源的中藥等都可以作為微生物酵素發酵的原料。

微生物酵素生產工藝的特點是：為了防止雜菌生長，或產生酒精，可加入釀造米醋，異麥芽糖，蔗糖和紅糖；發酵周期比較長，一般為幾個月至2年等。也有采用二次發酵工藝，即經過后熟工藝，得到衛生酵素產品，產品形狀有液狀，膏狀，粉狀或固體顆粒。

生產流程：

清洗--干燥--剪切--發酵--螯合--品質管控--填充包裝--出倉

生產工藝：

水果酵素采用傳統工藝發酵，發酵過程分為三個階段，酵母發酵，醋酸菌發酵，乳酸菌發酵

第一階段：酵母菌發酵—酵母菌發酵階段把大分子轉化成小分子，把淀粉轉化成二氧化碳和酒精——也叫糖化作用

第二階段：醋酸菌發酵—醋酸菌發酵階段把酒精分解掉——也叫醋化階段

第三結算：乳酸菌發酵階段—乳酸在反應作用下產生益生菌——也叫熟成作用